育苗基质由专业工厂生产，主要原料是草炭和蛭石。各地根据就地取材原则，有混以珍珠岩、腐叶土、稻壳熏炭、菇渣、苇末、椰子纤维、细炉渣和园田土等。
穴盘育苗专用基质要求保水性、通气性好。由于每个穴盘内基质用量很少，易干燥或缺肥，因此，一般都混以堆肥、缓效性肥料或培养土等，能够促进根系发育和保证秧苗生长所需营养，并能减少移栽时伤根。我国一些地区使用肥沃的壤土和腐熟好的优质圈肥，按6∶4比例混合，有草炭土的地区用草炭土加壤土及圈肥按4∶3∶3的比例配制。配好的营养土中每立方米再掺入腐熟粪干20千克，氮、磷、钾复合肥1.5千克，草木灰5千克，50%多菌灵可湿性粉剂80克，80%敌百虫粉剂60克，混合均匀过筛，作为育苗基质。
日本蔬菜穴盘育苗方法，每一步都很严谨，都能提高农业生产效率
蔬菜穴盘育苗是利用先进的设施、设备和管理技术，将幼苗的不同生长阶段放置在人工控制的最优环境中，充分发挥幼苗生长的潜力，快速度、高质量地培育出优质壮苗的一种工厂化育苗方式。任何一种可以育苗移栽的蔬菜均可采用穴盘育苗的方式，对于根系较弱、再生能力差、苗龄短的蔬菜秧苗特别适合。
穴盘育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱锥体，故又称为“塞子苗”，采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。利用穴盘可集中育苗、统一管理，育苗时期不受环境限制，既可大批量育苗，又可节省劳力。
穴盘育苗的设施主要有精量播种机、种子丸粒化机、穴盘、播种室、催芽室和绿化室。简单的穴盘育苗只要有穴盘（相当于一般育苗中的营养钵）及保温、保湿设施即可。目前常用的穴盘是一种长55厘米、宽28厘米、高5.5厘米的多孔塑料盘，根据穴孔的大小，有50孔、72孔、128孔等多种，不同的蔬菜种类可以选择相应规格的穴盘，如一般叶、花菜类蔬菜用128孔，茄果类用72孔。
严格的穴盘育苗，其操作过程包括播种前的准备、播种、催芽、绿化成苗等几个阶段，各个阶段前后衔接，不同阶段采取不同的管理方法。现以番茄育苗为例说明穴盘育苗的操作过程。首先是播种前的准备，包括穴盘清洗、消毒、种子处理（种子消毒和丸粒化）和基质准备。然后进入播种车间在精量播种机上进行精量播种，播种过程包括装土（基质）、压穴、播种、覆盖和浇水。之后进入催芽室进行催芽，并保持28℃左右，湿度90%以上，约2～3天后出苗。当有80%左右种子顶土出苗时，将穴盘移入绿化室，让幼苗接受光照，同时控制温度25℃左右，这样既能保持继续出苗，又能防止徒长。当幼苗出齐后进行成苗期管理，控制绿化室温度白天25℃左右，夜间15℃左右，并保持基质湿润。在移栽前7～10天进行炼苗，以使幼苗适应大田环境。